Jurusan Perikanan UGM memiliki 12 laboratorium dalam ruangan, yaitu :
- Laboratorium Ekologi Perairan
- Laboratorium Genetika dan Pembenihan
- Laboratorium Riset
- Laboratorium Akuakultur
- Laboratorium Hama dan Penyakit Ikan
- Laboratorium Mikrobiologi
- Laboratorium Nutrisi
- Laboratorium Pengolahan Hasil Perikanan
- Laboratorium Hidrobiologi
- Laboratorium Sosial Ekonomi Perikanan
- Laboratorium Manajemen Sumberdaya Perikanan
- Laboratorium Alat dan Teknik Penangkapan
Selain laboratorium diatas, Jurusan Perikanan UGM juga memiliki laboratorium lapangan, yaitu :
- Laboratorium Kolam Percobaan
- Stasiun Kolaborasi Perikanan