Laboratorium Manajemen Sumberdaya Perairan (Laboratorium MSPa) merupakan salah satu sarana pendukung pelaksanaan tridarma perguruan tinggi di Perikanan UGM. Selain untuk kegiatan pendidikan, laboratorium ini diperuntukkan bagi kegiatan penelitian, sekaligus ujung tombak pengembangan ilmu yang berkaitan dengan manajemen sumberdaya perairan untuk mendukung pengelolaan sumberdaya perikanan yang rasional dan bertanggung jawab. Untuk mendukung kelancaran kegiatan pendidikan dan penelitian, laboratorium dilengkapi berbagai peralatan antara lain: alat tangkap ikan dan biota lainnya, water sampling equipment, digital balancing, caliper, freezer, mikroskop binokuler, kamera lucida, dan lainnya serta software untuk pemrograman pengelolaan dan konservasi sumberdaya perikanan. Selain itu, laboratorium dilengkapi jaringan internet yang dapat mengakses sumber referensi dari berbagai jurnal internasional. Berbagai buku penunjang penelitian tersedia, misalnya buku identifikasi ikan, identifikasi larva, identifikasi plankton dan bentos.
Berbagai penelitian telah dilakukan di Laboratorium MSPa, diantaranya adalah inventarisasi dan distribusi sumberdaya ikan dan udang di pesisir pantai selatan Yogyakarta dan Jawa Tengah, zoogeografi ikan di perairan sungai wilayah DIY yang dilakukan sebelum maupun pasca erupsi Merapi, aspek biologi ikan dan pengelolaan di perairan umum (danau, waduk, sungai) berbasis ekosistem, pengembangan kawasan konservasi sumberdaya perikanan (mangrove, terumbu karang), kajian iktiofauna serta distribusi nematoda pada ikan. Kegiatan penelitian tersebut dilaksanakan dengan biaya yang berasal dari Hibah Penelitian Kolaborasi Dosen dan Mahasiswa, Hibah Penelitian Laboratorium maupun Hibah Multidisiplin Dikti. Di masa mendatang, penelitian akan lebih difokuskan untuk pengumpulan informasi distribusi ikan dan larva ikan di muara sungai maupun perairan estuari, pengembangan perairan umum dan zoogeografi nematoda laut untuk pengembangan penanda biologis. Untuk menunjang keberhasilan penelitian dan pengembangan laboratorium, telah dilakukan kerjasama antar laboratorium di lingkungan Jurusan Perikanan, laboratorium di perguruan tinggi lain baik dalam maupun luar negeri (Kochi University, Toyohashi University, dan lain-lain) serta lembaga penelitian perikanan dan kelautan di Indonesia.
Bentuk pelaksanaan tridarma perguruan tinggi bidang pengabdian pada masyarakat, Laboratorium MSPa memberikan layanan penyuluhan dan pelatihan berkaitan dengan konservasi dan manajemen sumberdaya perikanan dan kelautan. Layanan dilakukan secara indoor (di dalam laboratorium) maupun outdoor (kunjungan) di lokasi kegiatan.
