Departemen Perikanan didirikan pada tanggal 1 September 1963/1964 dengan nama awal “Bagian Perikanan” sebagai salah satu bagian dari Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada. Seiring berjalannya waktu, nama “Bagian Perikanan” berubah menjadi “Departemen Perikanan” dan pada tahun 1983 berubah menjadi “Jurusan Perikanan”. Sesuai dengan ketentuan Susunan Organisasi dan Tata Kelola di Lingkungan Universitas Gadjah Mada, mulai tahun 2016, “Jurusan Perikanan” resmi bernama menjadi Departemen Perikanan hingga saat ini.
Departemen Perikanan Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada menjalankan kegiatan pendidikan melalui tiga Program Studi S1 dan satu Program Studi S2. Program Studi S1 yang ditawarkan antara lain Program Studi Akuakultur, Manajemen Sumberdaya Akuatik, dan Teknologi Hasil Perikanan. Semua Program Studi S1 di Departemen Perikanan telah berstatus “Terakreditasi A” dan “Unggul” oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), serta telah terakreditasi ASIIN. Adapun Program Pascasarjana yang ditawarkan adalah Program S2 Magister Ilmu Perikanan (Master in Fisheries Science) yang telah dimulai pada tahun akademik Semester I 2015/2016 dan saat ini telah resmi terakreditasi “Unggul”.
Departemen Perikanan telah melakukan berbagai penelitian dalam bidang akuakultur, manajemen sumber daya dan sosial ekonomi, serta teknologi pengembangan produk perikanan. Bidang penelitian tersebut diantaranya mengenai biologi dan fisiologi ikan, pengelolaan kualitas air, pembenihan dan pembesaran ikan dan udang, penyakit dan vaksinasi ikan, pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya perikanan, sosial-ekonomi petambak dan nelayan, penanganan dan pengolahan hasil perikanan, pengolahan limbah industri perikanan, pengemasan serta penembangan produk. Penelitian juga dilakukan bidang ilmu kelautan antara lain bioteknologi kelautan (pemanfaatan mikrobia laut, analisis biomolekul laut, analisis biokimia laut), analisis kebijakan kelautan (marine policy), konservasi sumber daya kelautan, analisis fisika dan kimia oseanografi, paleoceanography, sistem informasi geografi lingkungan perairan.
Sebagai bentuk komitmen terhadap Tri Dharma Perguruan Tinggi, Departemen Perikanan UGM juga berpartisipasi aktif dalam kegiatan pengabdian masyarakat yang dilakukan dalam bentuk pelatihan, penyuluhan dan pembinaan masyarakat baik secara individu maupun kelompok UMKM, bina desa, dan sebagainya. Kegiatan ini diharapkan dapat meningkatkan keterampilan serta membagikan keilmuan lebih luas kepada masyarakat khususnya bagi penggerak dalam bidang perikanan dan kelautan.
Departemen Perikanan UGM telah menjalin kerja sama lebih dari 60 institusi dan mitra, baik dalam maupun luar negeri melalui program penelitian, Merdeka Belajar-Kampus Merdeka (MB-KM), serta pengabdian kepada masyarakat.