Departemen Perikanan UGM memiliki beberapa fasilitas yang dapat diakses oleh dosen, mahasiswa, karyawan maupun mitra dari instansi lain. Fasilitas yang ada di Departemen Perikanan UGM antara lain :
- Laboratorium
- Perpustakaan
- Inkubator Mina Bisnis
- Stasiun Kolaborasi